微生物检测是运用微生物学的理论与方法，检验产品中微生物的种类、数量、性质及其对人的健康的影响，以判别是否符合质量标准的检测方法。
其检测项目包括菌落总数、大肠杆菌计数、大肠菌群计数、肠道致病菌（沙门氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌）、单核细胞增生李斯特氏菌、双岐杆菌、副溶血性弧菌、空肠弯曲菌、霉菌计数和酵母计数等。
关于微生物检测的国家标准，主要有以下几项：
JB/T20179-2017《微生物限度检验仪》标准，标准状态为有效，属于行业标准中的机械标准分类，适用于制药、生物制品、食品、化妆品、卫生用品、医疗器械等行业的微生物限度检验。
NY227-1994《微生物肥料》标准，标准状态已被替代，属于农业标准分类，适用于以各类有益微生物群体为主制成的生物肥料。
GB20287-2006《农用微生物菌剂》标准，标准状态为有效，属于国家标准分类中的国家标准，适用于通过特定微生物的生命活动能增加植物养分有效性或具有直接促进植物生长作用的菌剂。
此外，还有其他一些相关的国家和行业标准，如《食品卫生微生物学检验总则》、《食品卫生微生物学检验霉菌和酵母计数》、《食品卫生微生物学检验大肠菌群测定》等。这些标准对于不同类型的产品有着不同的检测方法和要求，用于确保产品的质量和安全。
